ΟΙ μυκοτοξίνες είναι ιδιαίτερα τοξικές ουσίες που παράγονται από συγκεκριμένους μύκητες, όπως για παράδειγμα οι αφλατοξίνες παράγονται από τους Aspergillus flavus, Aspergillus parasiticus, ενώ η Ωχρατοξίνη Α από τον A. ochraceus και τον P. verrucosum.Περίπου το 20 % των τροφίμων είναι δυνατόν να επιμολυνθούν με μυκοτοξίνες, με κυριότερα είδη τα δημητριακά, τους ξηρους καρπούς, τα αποξηραμένα φρούτα, τον καφέ, τα μπαχαρικά, τα σπορέλαια, τον αρακά, τα φασόλια, και τα φρούτα. Μυκοτοξίνες απαντώνται επίσης στη μπύρα και το κρασί καθώς και σε τρόφιμα ζωικής προέλευσης όπως το γάλα, το τυρί,  το αυγό και οφείλονται στην κατανάλωση μολυσμένων ζωοτροφών.Οι κυριότεροι παράγοντες που επιδρούν στην παραγωγή μυκοτοξινών από τους μύκητες είναι η θερμοκρασία, η υγρασία, το ph και το μέγεθος της μόλυνσης.

Η Ευρωπαϊκή Ένωση έχει θεσπίσει σειρά κανονισμών που καθορίζουν τα μέτρα ελέγχου που πρέπει να λαμβάνονται στα κράτη μέλη για τον έλεγχο της επιμόλυνσης των τροφίμων από μυκοτοξίνες. Συγκεκριμένα τα μέγιστα επιτρεπτά όρια των μυκοτοξινών στα τρόφιμα καθορίζονται από τον κανονισμό 1881/2006/ΕΚ, ενώ τα κριτήρια με τα οποία πρέπει να συμμορφώνεται η μέθοδος δειγματοληψίας καθορίζονται από τον κανονισμό 401/2006/ΕΚ.

Η δειγματοληψία, εξαιτίας της  ανομοιόμορφης κατανομής της επιμόλυνσης σε μία παρτίδα, διαδραματίζει σημαντικό ρόλο στην ακρίβεια με την οποία προσδιορίζονται τα επίπεδα συγκεντρώσεων των μυκοτοξινών στα τρόφιμα γι'αυτό και θα πρέπει να  δίνεται μεγάλη προσοχή στον τρόπο δειγματοληψίας και να ακολουθούνται σωστά οι οδηγίες που υποδεικνύει η νομοθεσία.

Η εγκυρότητα και η αξιοπιστία των αποτελεσμάτων για τον προσδιορισμό των μυκοτοξινών εξαρτώνται απο δύο συνιστώσες, την σωστή δειγματοληψία για την οποία φροντίζετε εσείς και την σωστή ανάλυση την οποία εγγυώμαστε εμείς.